IF=37.3！我校曾柱教授团队探索潜在的肿瘤治疗新方法

近期，我校曾柱教授团队在国际期刊《Molecular Cancer》中刊发文章，该研究聚焦于染色质结构R-loop环，构建特有的评分模型，有机结合公共数据库中多种癌症的测序数据，挖掘潜在的肿瘤治疗新方法，一起来看。

文献概况

题目：异常的R-loop通过介导免疫逃避、细胞通讯和代谢重编程影响癌症进展:单细胞分析

杂志：Molecular Cancer 

影响因子：IF=37.3 

发表时间：2024年1月

在获取获得高质量的生信分析成果上

这篇文章有何亮眼之处？

​

1.整合公共的LUAD单细胞数据，构建特有的R-loop评分模型。

2.将R-loop评分与肿瘤免疫逃逸、细胞间相互作用、细胞因子信号转导和代谢重编程多元关联起来。  

3.在泛癌中评估了R-loop的预后价值，并通过多个化疗、免疫治疗、靶向治疗数据集验证了R-loop评分模型预测癌症患者治疗反应的能力。  

4.在干湿结合验证中，灵活运用DRIP-seq、靶向基因敲低和细胞功能实验，证明R-loop调节因子FANCI在肺腺癌中的作用。

以下是文献介绍

研究背景

R-loop是动态三链核酸结构，普遍存在于哺乳动物基因组中，参与多种生物过程。生理性的R-loop有助于DNA修复、调控基因表达、端粒维持、同源重组和甲基化修饰等。然而，R-loop稳态的改变会影响R-loop调节过程，导致复制压力和基因组不稳定性，这种变化可能与癌症等各种人类疾病密切相关。大量的研究已经将R-loop频率、稳定性或基因组位置的改变与癌症相关联。比如：MYC原癌基因和IgS区域之间易位产生的R-loop可能促进DNA损伤和致瘤过程。尽管如此，R-loop本身导致肿瘤发生和肿瘤进展的直接证据仍然缺乏。

有研究报道， R-loop的积累会激活先天免疫反应，导致神经退行性疾病和癌症等疾病。但是，R-loop在TME中的具体功能仍不清楚。因此，本文通过分析单细胞数据集，在单细胞水平深入了解R-loop在恶性和非恶性细胞之间发挥的功能。该研究揭示了由R环调节因子介导的R-loop分布变化对肺癌进展的因果关系。

研究思路

作者利用来自肺腺癌(LUAD)的scRNA-seq数据集，通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法对数据进行分析，鉴定出与EGFR突变、临床分期、组织起源和吸烟等临床参数相关的共表达模块。通过这些模块中的基因，对细胞的R-loop状态进行评分。然后评估R-loop评分与肿瘤微环境(TME)和治疗反应的关系。细胞通讯分析表明，低评分的R-loop有助于T细胞耗竭和Treg细胞的积累。随后作者通过33种肿瘤类型的大量转录组数据集评估了R-loop的预后价值。在32个独立队列中，R-loop评分模型很好地预测了患者对靶向治疗、化疗或免疫治疗的治疗反应。此外，通过一系列体外实验探讨了FANCI通过调节 R-loop参与肺腺癌进展。值得注意的是，FANCI缺乏介导的R-loop分布的变化阻断了Ras信号通路的活性，抑制了肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭能力。该研究工作为基于R-loop或R-loop调节因子的癌症治疗策略奠定了理论基础，对癌症患者的个性化治疗具有指导意义。

研究团队介绍

贵州省树突状细胞基础与应用开发科技创新人才团队：

 团队领衔人曾柱教授，博士生导师，贵州医科大学副校长，贵州省省管专家，贵州省“百层次”人才计划入选者，国家自然科学基金重点项目获得者，全国高校黄大年式教师团队领衔人，国家一流专业和一流课程负责人，兼任教育部高等学校生物医学工程教学指导委员会委员、中国生物医学工程学会力学学会生物力学分会专业委员会委员，贵州省免疫学会理事长。

团队现有专职人员45人，正高级职称15人，副高级职称30人，聚焦肿瘤、感染等临床重大疾病，围绕树突状细胞（DCs）开展DCs免疫表型调控的力-化耦合机制、纳米材料与DCs靶向疫苗设计、计算免疫学等研究工作，是一个凝聚了不同学科优势、创新性强、具有产学研优势的研究团队，近年来在Chemical Engineering Journal、Materials Today Bio、Nano Energy、Biosens Bioelectron等期刊上发表多篇高水平论文，出版学术专著2部。

第一作者简介

张世超副教授，贵州医科大学博/硕士生导师，贵州省高层次创新型人才，贵州医科大学优秀青年人才；2008-2017年就读于兰州大学生命科学学院，获学士和博士学位。主要从事肿瘤表观遗传学及生物信息学研究。综合利用医学大数据挖掘、生物信息学、细胞与分子生物学、模式动物、流行病学调研等技术手段，研究人的基因组学特征以及肿瘤微环境中免疫细胞的作用机制，挖掘其在肿瘤等重大疾病诊疗中的重要价值，探索分子机理和靶向治疗策略，为开展精准医疗服务提供指导。主持国家自然科学基金3项、省部级科研项目5项；以第一作者或通讯作者在Molecular Cell、Elife、Cell Research等高水平期刊上发表SCI论文16篇。

作者：张世超

排版： 姚晴

编辑：李菡逸 

一审：李牧

二审：钱禾

三审：陈颖 

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